ജൈവസാങ്കേതികവിദ്യ കാര്‍ഷികമേഖലയില്‍ വമ്പിച്ച മാറ്റങ്ങളാണു വരുത്തിക്കൊണ്ടിരിക്കുന്നത്. ഗുണനിലവാരമുള്ള സസ്യങ്ങളുടെ ഉത്പാദനത്തില്‍ ജൈവസാങ്കേതികവിദ്യ വിപ്ലവാത്മകമായ ഫലങ്ങള്‍ ഉളവാക്കിയിരിക്കുന്നു. ജനിതകസാങ്കേതികവിദ്യയുടെ സഹായത്തോടെ ഉപകാരപ്രദമായ പല ജീനുകളെയും ഒരു സസ്യത്തിന്റെ കോശത്തില്‍ പ്രവേശിപ്പിക്കുവാന്‍ സാധിക്കുന്നു. കാര്‍ഷികമേഖലയിലെ ഏറ്റവും വലിയ ഭീഷണിയായ കീടങ്ങളെ നേരിടുവാന്‍ ജൈവസാങ്കേതികവിദ്യ പ്രയോജനപ്പെടും എന്നതാണ് ഇതിന്റെ നേട്ടം. കീടങ്ങളെ സ്വയം തടയാവുന്നതരത്തില്‍ ജനിതകവ്യതിയാനം നടത്തിയ സസ്യങ്ങള്‍ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യയുടെ സംഭാവനയാണ്. ജനിതകവിളകള്‍ ഉത്പാദിപ്പിക്കുവാന്‍ ബാസിലസ് തുറിഞ്ചിയെന്‍സിസ് (Bacillus thuringiensis)  എന്ന ബാക്ടീരിയയെയാണ് കൂടുതല്‍ ആശ്രയിക്കുന്നത്. 1929-ലാണ് ഈ ബാക്ടീരിയയെ കണ്ടുപിടിക്കുന്നത്. അത്യുത്പാദനശേഷിയുള്ള ഇനം വിളകളാണ് ഈ ജൈവസാങ്കേതികവിദ്യയുടെ പ്രയോഗംവഴി ലഭിക്കുന്നത്. ബാസിലസ് തുറിഞ്ചിയെന്‍സിസില്‍ കാണുന്ന 'ക്രൈ' എന്ന ജീന്‍ മാറ്റിവയ്ക്കുന്നതിലൂടെ വിളസസ്യങ്ങള്‍ ഷഡ്പദങ്ങള്‍ക്കെതിരേ പ്രതിരോധശക്തി കൈവരിക്കുന്നു. ശാസ്ത്രം ഇപ്രകാരമുള്ള ജീന്‍മാറ്റിവയ്ക്കല്‍ ഇരുപതോളം വിളസസ്യങ്ങളില്‍ നടത്തിയിട്ടുണ്ട്. ബാസിലസ് തുറിഞ്ചിയെന്‍സിസ് എന്നതിന്റെ ചുരുക്കരൂപമായ ബിടി മുമ്പില്‍ ചേര്‍ത്താണ് ഇപ്രകാരമുള്ള സസ്യങ്ങള്‍ അറിയപ്പെടുന്നത്. ബിടി-ചോളം, ബിടി-പരുത്തി, ബിടി-ഉരുളക്കിഴങ്ങ്, ബി.ടി. വഴുതന തുടങ്ങിയവ നല്ല പ്രചാരം നേടിയിട്ടുണ്ട്. ഇപ്രകാരമുള്ള വിളകളില്‍ ബിടി-വഴുതന ഒട്ടേറെ വിവാദങ്ങള്‍ക്കും പ്രതിഷേധങ്ങള്‍ക്കും ഇടയാക്കി. പരിസ്ഥിതിപ്രവര്‍ത്തകരുടെയും കൃഷിവിദഗ്ധരുടെയും എതിര്‍പ്പുകാരണം ബിടി-വഴുതന ഇപ്പോള്‍ പ്രചാരത്തിലില്ല.
ജൈവസാങ്കേതികവിദ്യയുടെ പ്രയോഗം ഉത്പാദനത്തിലും കാര്യക്ഷമതയിലും വിപ്ലവാത്മകമായ ഫലങ്ങള്‍ ഉളവാക്കുമ്പോഴും പരിസ്ഥിതിപ്രശ്‌നങ്ങള്‍ ഗുരുതരമാകുന്നു എന്ന ആശങ്ക നിലവിലിരിക്കുന്നു. ബിടി ബാക്ടീരിയയില്‍ കാണുന്ന 'ക്രൈ' എന്ന ജീന്‍ ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്ന വിഷപ്രോട്ടീന്‍ (ക്രൈപ്രോട്ടീന്‍) വാസ്തവത്തില്‍ ഷഡ്പദങ്ങളുടെ അന്തകനാണ്. ബിടി-ചോളത്തിന്റെ പൂമ്പൊടി ഭക്ഷിക്കുന്ന മൊണാര്‍ക്ക് ശലഭത്തിന്റെ ലാര്‍വകള്‍ നശിക്കുന്നതായി 1994 ല്‍ കോര്‍ണല്‍ സര്‍വകലാശാലയിലെ ഗവേഷകര്‍ കണെ്ടത്തുകയുണ്ടായി. മാറ്റിവയ്ക്കപ്പെട്ട ജീനുകള്‍ പരാഗണം (Pollination)  തുടങ്ങിയ പ്രക്രിയകളിലൂടെ മറ്റു ജീവികളിലേക്കു കടക്കാനുള്ള സാധ്യത വളരെയുണ്ട്. മാത്രമല്ല, ഇവ കളസസ്യങ്ങളില്‍ പ്രവേശിച്ചാല്‍ അവ കാര്‍ഷികവിളകളെക്കാള്‍ അതിജീവനശേഷിയുള്ള സൂപ്പര്‍കളകള്‍ (Super Weeds) ആകാനുള്ള സാധ്യതയുമുണ്ട്. ഈ ജീനുകള്‍ ജലത്തിലും മണ്ണിലുമുള്ള സൂക്ഷ്മജീവികള്‍ക്കും അപകടം വരുത്താം. കൂടാതെ, ജനിതകവ്യതിയാനത്തിലൂടെ ശത്രുകീടങ്ങളെ നശിപ്പിക്കുമ്പോള്‍ നിരവധി മിത്രകീടങ്ങളും നശിച്ചുപോകുവാനിടയാകുന്നു. ജനിതകവിളകളില്‍നിന്നുള്ള പരാഗരേണുക്കള്‍ സൃഷ്ടിക്കുന്ന 'ജനിതകമലിനീകരണം' പരിസ്ഥിതിയില്‍ ദോഷകരമായ ഫലങ്ങള്‍ ഉളവാക്കുന്നു. ജനിതകഭക്ഷണം പല തരത്തിലുള്ള 'അലര്‍ജി'കള്‍ക്കു കാരണമാകുമെന്നുള്ള ഭയം നിലനില്ക്കുന്നു. ഇതിലെല്ലാമുപരി ജനിതകമേഖലയിലെ കുത്തകക്കമ്പനികള്‍ കൃഷിയും ഭക്ഷണവും നിയന്ത്രിക്കുന്ന സ്ഥിതിയുമുണ്ടാകും.